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A história política, religiosa e cultural, até à criação do Paquistão em 1947, é comum à da Índia. O Paquistão tem as suas origens na velha Liga Muçulmana, fundada em 1909 para defender os interesses dos Muçulmanos ou Islamistas, mas que a partir de 1913 estabeleceu como finalidade conseguir o governo dos muçulmanos da Índia por eles mesmos. 
A ideia de um Estado único para os muçulmanos da Índia provém do poeta Mohammed Iqbal, que a exprimiu pela primeira vez por 1930. Em 1936, M. Ali Jinnah foi escolhido para presidente da Liga dos Muçulmanos da Índia. A Liga, que obteve desde então grande prestígio, em 1940 passou a defender a ideia da cisão da Índia em dois Estados, um hindu e o outro muçulmano, este com o nome de «Paquistão». De tal modo a sua força aumentou, de 1944 a 1947, que M. Ali-Jinnah conseguiu, nesse ano, do vice-rei Lord Mountbatten, a criação do Paquistão (membro da Commonwealth desde o início), um Estado dividido em duas províncias: Paquistão Ocidental e Paquistão Oriental. Nada as unia a não ser a religião islâmica receosa do domínio hinduísta. Esse vínculo não bastou para assegurar a união. 
De facto tudo se passava como se, no plano político, económico e social, o Paquistão Ocidental «oprimisse» o Oriental, precisamente o que os Bengalis tinham querido evitar ao constituir um Estado com os seus irmãos muçulmanos.
Porém, em 1956 proclamou-se República Islâmica e, em 1965, entrou em guerra com a República da Índia. Seguiu-se uma intervenção da ONU que restabeleceu a paz. No entanto, em 1971, o partido autonomista Awami ganhou as eleições, ficando com direito a constituir o governo central. Receando que a cedência às exigências autonomistas dos Bengalis, estimulasse outras pretensões autonomistas, o exército lançou uma repressão violenta contra os Bengalis que procuraram refúgio na vizinha Índia, que interveio com o seu exército. O Paquistão Ocidental rende-se e a independência do Bangladesh (Paquistão oriental) torna-se efectiva. O Paquistão perdia assim 1/6 do seu território e mais de metade da sua população. O facto ressentiu-se, sobretudo, na vida externa do país, tornando-o muito mais dependente das grandes potências, e levou o Paquistão a normalizar as relações com a China.
Zulfiqar Ali Bhutto eleito presidente do Paquistão procurou redefinir a política externa, relançar a economia e dotar o país de instituições estáveis. Em 1972 estabeleceu relações com Moscovo e buscou ajuda na China Popular, ao mesmo tempo que reafirmava a sua fidelidade aos EUA e a solidariedade com os países islâmicos. As relações com o Bangladesh foram normalizadas em 1974. Em 1973 adoptou uma nova Constituição, de tipo federal. Ali Bhutto torna-se primeiro-ministro e Fazal Chaudri, o novo presidente da República. As grandes potencialidades hídricas e hidroeléctricas, sobretudo no Punjab e no Sind, permitiram desenvolver extraordinariamente a agricultura e a pecuária, mas a falta de investimento, impediu a industrialização. Por outro lado, as províncias fronteiriças (no Nordeste e o Balochistão) foram estimuladas nas suas pretensões autonomistas pelo Afeganistão (devido aos pashtos que vivem nos dois países), sob pressão soviética, desejosa de ter um fácil acesso ao golfo Pérsico. O exército depôs Ali Bhutto em 1977. O general Zia Ul Haq foi empossado no cargo de chefe de Estado (1978), acumulando o cargo com o administrador da lei marcial e chefe do Estado-Maior das Forças Armadas. 
O novo presidente empenhou-se na islamização de toda a vida paquistanesa, único meio, em sua opinião, de manter a unidade nacional. Em 1979, Zia Ul Haq declarou como «lei suprema» o Corão e a Suna, os dois livros sagrados do Islão. Ali Bhutto foi condenado e enforcado. Com isto, pretendia-se minar a formação política de Ali Bhutto, o Partido Popular Paquistanês, que, por duas vezes (1970 e 1977), vencera as eleições legislativas. Mas a sua morte não produziu os objectivos desejados: o mundo inteiro manifestou a sua repulsa pela sentença, e o inegável prestígio deste dirigente político aumentou ainda mais junto do próprio povo paquistanês.
Estes acontecimentos, juntamente com a aquisição de instalações nucleares, levaram ao esfriamento das relações com os EUA, que acusaram o Paquistão de violar os acordos de limitação de armas deste tipo. Mas a situação viria a alterar-se rapidamente. Em 1980, depois da invasão do Afeganistão pelos exércitos russos, centenas de milhares de refugiados chegam ao território paquistanês, que assume assim uma posição de importância na estratégia defensiva do Ocidente. Pouco tempo depois, a China afirmou o seu apoio a Zia Ul Haq e os americanos ofereceramse para fornecer auxílio militar. Mas nada disto impediu que o regime se tornasse cada vez mais duro. A vida parlamentar fora suspensa e a lei corânica aplicada à letra. Em 1981, a oposição organizou uma «campanha de desobediência civil» com o objectivo de provocar a queda de Zia Ul Haq. Mas o presidente apenas se limitou a promulgar uma Constituição provisória que lhe dava o poder de dissolver os partidos políticos. Alterada a Constituição, o chefe do Estado pôs termo à relativa democratização do regime.
Apesar disso, os partidos foram de novo autorizados. Em 1985 foi levantada a lei marcial, em vigor desde 1977. Em 1986 regressou do exílio a filha do antigo primeiro-ministro Ali Bhutto, Benazir Bhutto, agora presidente do Partido Popular Paquistanês (PPP). Zia Ul Haq morre num desastre de aviação e o presidente do Senado, Ghulam Ishaq Khan, assumiu o poder, marcando eleições, que deram a vitória ao PPP. Embora sem maioria na Assembleia Nacional, uma disposição constitucional permitiu ao presidente a nomeação de Benazir Bhutto para o cargo de primeiro-ministro.
A jovem chefe do Executivo anunciou no seu programa uma maior aproximação dos EUA, da União Soviética e da Índia, a renovação das organizações estudantis, reformas laborais e o reequipamento do Exército. No fim de 1989, Benazir Bhutto enfrentou a primeira moção de desconfiança. Durante o ano de 1990 acentuou-se o mal-estar entre o Governo e o Exército, que terá feito pressão sobre o presidente para demitir a primeira-ministra, o que veio a verificar-se. Passam a registar-se confrontos entre partidários de Benazir Bhutto e as autoridades. Em 1992, o Paquistão reconheceu, pela primeira vez, a sua capacidade de fabricar a arma nuclear. Ishaq Khan pediu a demissão em 1993. Wasim Sajjad ocupou a presidência interinamente. Em 1994, as eleições dão a presidência a Farouk Ahmad Leghari. Renovam-se confrontos entre sunitas e extremistas xiitas. O presidente demite-se, em 1997 e é substituído por Mohamed Rafiq Tarar.
Em 1999 um golpe de Estado militar pôs no poder o general Pervez Musharraf. Este suspendeu a Constituição e assumiu a chefia do governo (mantendo-se o presidente em exercício em funções apenas para efeitos protocolares), depois de ter formado um Conselho Nacional de Segurança que constitui o governo supremo do país. É neste panorama político interno que teve lugar a ofensiva dos americanos e britânicos contra o Afeganistão, originada pelos ataques terroristas do 11 de Setembro (2001). Musharraf coopera então na luta contra o terrorismo e os Estados Unidos da América levantaram as sanções impostas ao Paquistão, depois dos ensaios nucleares de 1998. Em 2002 Musharraf dissolveu os movimentos islamitas. Fortemente contestado, a braços com a utilização de território paquistanês por taliban afegãos e pressionado pelo Ocidente, o general enfrentou em 2007 a crise da Mesquita Vermelha de Islamabad que motivou o ataque no qual pereceram várias dezenas de rebeldes.
Em Outubro, o regresso de Benazir Bhutto abriria caminho ao regresso do exílio de Nawaz Sharif, o homem que Musharraf destituíra em 1999. Musharraf preparava também o seu futuro político abandonando nominalmente a chefia do exército paquistanês.
Benazir Bhutto (Karachi, 21.6.1953 – Rawalpindi, 27.12.2007) era filha de Zulfikar Ali Bhutto (1928-1979), o político que ficou à frente dos destinos do Paquistão após a derrota pela Índia e a criação do Bangladesh, em fins de 1971, e depois deposto por um golpe militar chefiado por Zia Ul Haq, em 1977. Assumiu então a direcção do Partido Popular do Paquistão, fundado por seu pai em 1967, e, em 1988, depois de um primeiro exílio em Londres, aos 35 anos, Benazir tornou-se primeira-ministra na sequência de eleições, mas dois anos depois, era obrigada a demitir-se acusada de nepotismo e corrupção. De novo eleita em 1993, em 1996 sairia pressionada por novas acusações de corrupção. Em 1999 acabaria por se exilar voluntariamente no Dubai e em Londres, mas continuando a dirigir o PPP, que continuou a ser a principal força de oposição ao general Pervez Musharraf.O seu regresso ao Paquistão, em Outubro deste ano, ocorreu num momento de grave crise do país e esse facto tê-la-á levado a aceitar um pacto com os militares, os velhos inimigos da sua família, para a repartição do poder na sequência das próximas eleições, previstas para Janeiro de 2008. O objectivo seria a reconciliação nacional, mas o seu gesto foi mal aceite por muitos dos seus apoiantes.
Hoje, foi alvejada por um tiro quando saía de um comício de campanha eleitoral disparado por um suicida que se fez explodir em seguida.